嗜酸菌分布在酸性矿水、酸性热泉等地区，如氧化硫硫杆菌在pH值低于0.5的环境中仍能存活，专性自养嗜酸的氧化亚铁硫杆菌（Thiobacillus ferrooxidans）能氧化硫和铁，并产生硫酸，这两种细菌都是极端嗜酸菌。在酸性环境中，还存在能够氧化铁的钩端螺旋菌（Leptospira）。嗜酸硫杆菌（Thiobacillus acidophilus）是一种能进行化能自养和化能异养生长的细菌，最适生长pH值在3.0—3.5之间的环境中。
在酸性环境中，还生活着一些嗜酸嗜热的芽孢杆菌（Bacillus），在60—65℃、pH3-4的条件下，生长速率达到最大。这种细菌能利用碳水化合物或氨基酸作为营养源。在酸热环境中生长繁殖的一种最异常的微生物是嗜酸热原体（Thermoplasma acidophilum），它的最适生长温度为59℃，最适pH为2左右，无细胞壁，对营养要求相当复杂，必需利用酵母膏作为营养基质，但必须有天然的有机营养才能生长。
此外，在酸性环境中，还生活着许多嗜酸的真核微生物，如椭圆酵母、红酵母等。有一种头孢霉（Cephalosporium），能在浓度为10％以上的硫酸中生长，并要求培养基中含有4%的硫酸铜，它是迄今发现的抗酸能力最强的微生物。多年来，一些嗜酸细菌被广泛用于铜等金属的细菌浸出。
另外，人们也在尝试利用硫杆菌分解磷矿粉，通过提高其溶解度来增加磷矿粉的肥效。过提高其溶解度来增加磷矿粉的肥效。
